Auf dem Gelände der Justizvollzugsanstalt Düsseldorf stehen 17 Häuser, die, je nach Funktionalität/Schwerpunkte, in unterschiedliche Abteilungen oder Bereiche aufgeteilt sind:
Verwaltung – Pforte/KFZ-Schleuse – Sportbereich –- Küche – Untersuchungshaftbereich – Strafhaftbereich – Zugangsabteilung – Transportabteilung – Begegnungszentrum – Schulungsbereich – Medizinischer Bereich – Werkbetriebe – Arbeitstherapie – Fahrdienst – Technik – Besuch – Kammer – Sicherheit – Fachdienstbereich – Ausbildungsbereich für Bedienstete.
Laut § 14 Strafvollzugsgesetz NRW und § 10 Untersuchungshaftvollzugsgesetz NRW, werden die Inhaftierten alleine untergebracht. In Ausnahmefällen dürfen sie auch zu Zweit untergebracht werden. Demzufolge ist die Justizvollzugsanstalt Düsseldorf mit 695 Einzel- und 80 Doppelhafträumen ausgestattet. Zu den Einzelhafträumen gehören u.a. auch 4 Barrieren freie Hafträume für Inhaftierte mit erheblichen körperlichen Behinderungen.
Der Haftbereich der Justizvollzugsanstalt Düsseldorf ist in 16 Abteilungen abgrenzend aufgeteilt. Als Standard befinden sich auf jeder Abteilung Duscheinrichtungen, Freizeit- und Gruppenräume mit Küchenzeile, Wäscheräume mit Waschmaschinen und Wäschetrockner, Multifunktionsbüros und Sozialräume.